2242년, 기하급수적으로 늘어난 인구로 인해 더 이상 지구에서의 생존이 불가능하다 판단한 인류는 제2의 지구로 이주를 진행한다. 마지막 선별 인원들을 태운 헤라클레스 호가 출발하고 우주 항해 도중 선원들이 하나둘씩 사라지면서, 모두가 혼란에 빠진다. 이에 사건을 조사하던 `클레이`(브루스 윌리스)와 동료들은 우주선에 `다른 존재`가 있다는 사실과 함께, 인류의 멸망을 불러올 충격적인 비밀을 알게 되는데…​